短程分子蒸馏设备在蒸馏了一段时间之后，会有污垢积聚在内部管壁上，如果不及时去除的话对设备的蒸馏效果也是有影响的，时间一长的话清洗起来也会比较麻烦，还会对零部件造成损坏。以下就是蒸馏器的详细清洗步骤，大家照着这个方式做就可以了。
       先要将蒸馏器的电源切断，同时还要关闭水源，针对不同的污垢选用不同的清洗剂，如果只是水垢的话，用稀盐酸就可以了。将清洗剂加入蒸馏器中，经过一定时间的清洗之后从水位器排放出来就可以了。为了避免微量盐酸的残留，可以摇动几下装置，并对不易清洗的死角进行冲洗，后再蒸馏一次并清洁干净就可以了。
       整个过程中要注意的是，如果采用二次短程分子蒸馏设备装置的话必须要控制好水位，不管是在任何情况下，在蒸馏时应经常加水，以免断水而烧坏仪器。