在设计分子蒸馏器的过程中采用的是目前良好的设计理念以及制造工艺，蒸馏器中的主要部件是蒸馏塔柱，在进行使用的过程中设备结构直接关系到设备的分离效果。
　　在进行选择的过程中需要选择其经济合理的蒸馏温度，这样物料在进行加工的过程中才会有较好的稳定性能，蒸气分子从蒸发面向冷凝面飞射的过程中，两者之间可能会出现其相互碰撞的情况。
　　分子蒸馏器的运行时环境以及柱体之间的热交换可以避免其传统的方式，这样就会直接造成设备出现过度加热或者保温导致人为的破坏其平衡所带来的实验数据的误差。
　　在进行传质的过程中，可以进行调整以及控制设备中合理的温度以及真空的压力条件，分子蒸馏器中的塔柱是采用抗热应力膨胀皱纹段设计，可以不让其塔柱温差出现变化的不稳定因素。