分子蒸馏设备在运行时其低压额蒸馏理论上的分子蒸馏分离过程发生在0.01Pa值0.1Pa之间，在运行的过程中其蒸馏压力可以增加化合物的分子运动平均自由程，进而扩大化合物间平均自由程的差异，实现分离。
　　它一般在传统的蒸馏技术多为釜式蒸馏，待分离的化合物先在沸点下气化变成气体，气态的化合物在真空泵的作用下被整体抽出，流经冷凝器的时候才可以获得冷凝。冷凝器与蒸发面之间过长的距离，使得该段距离间充满了气态化合物，因而难减小蒸发液面处的压力。
　　对于分子蒸馏技术，由于冷凝器与蒸发表面布置得紧密，待分离的化合物一旦挥发逸出，便被冷凝，因而冷凝器与蒸发器表面之间的气态化合物分压低，可以实现低压下的化合物分离。
　　压力越低，气体分子的平均自由程越大。当蒸发空间的压力很低，冷凝表面接近蒸发表面时，蒸发表面之间的垂直距离小于气体分子的平均自由程，和蒸发的汽化蒸气分子。表面不能与其他分子发生碰撞，直接到达冷凝表面并冷凝。
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