在真空度控制方面，早期的控制方式是采用开环控制方式，这种控制方法存在较大的波动现象。随着分离物质的纯度需求增加，由于这种真空度控制方法的稳定性差，很难符合较高的纯度需求，为了解决这一问题,使真空度稳定在某一预定值上，可以采用气体流量控制器进行反馈控制，通过调节进e量和出气量来保持稳定真空度。
　　如果真空度控制采用闭环控制，液环真空泵和旋片式真空泵只要让真空度维持在负压的情况下，通过串联气体流量控制器，利用气体流量控制器来保持分子蒸馏器的真空度稳定。
　　短程分子蒸馏器将v10与v11之间和v19上端的真空表换成数字真空表，并将采集到数据直接传输到PLC中，通过PLC控制真空泵到预定真空度,由于真空泵是由液环真空泵和旋片式真空泵组成，冷却水的流量的稳定性直接影响真空泵的运转，所以真空泵的稳定性较差,波动比较大，比如小型蒸馏设备，蒸发器直径较小，受真空度波动影响较大，此时当蒸发器内的真空度到预定值范围，开启气体质量流量控制器使其不断抽气或者送气，根据预定值和真空仪实际之间的误差，通过控制误差来减小误差实现真空度稳定的目的。