1.蒸馏温度低，分子蒸馏是在远低于沸点的温度下进行操作的，只要存在温度差可以到达别离意图，这是分子蒸馏与惯例蒸馏的本质区别。
　　2.蒸馏真空度高，分子蒸馏设备可以获得很高的真空度，一般分子蒸馏在很低的压强下进行操作，因而物料不易氧化受损。
　　3.蒸馏液膜薄，传热效率高。
　　4.物料受热时间短，受加热的液面与加冷凝面之间的间隔小于轻分子的平均自由程，所以由液面逸出的轻分子未经磕碰到达冷凝面。因而，蒸馏物料受热时间短，在蒸馏温度下停留时间一般几秒至几十秒之间，减少了物料热分解的时机。
　　5.别离程度高，分子蒸馏能别离惯例不易分开的物质
　　6.分子蒸馏设备价格昂贵，分子蒸馏设备让体系压力到达的高真空度，对资料密封要求较高，且蒸发面和冷凝面之间的间隔要适中，设备加工难度大，造价高。
　　7.产品耗能小，由于分子蒸馏整个别离过热丢失少，且由于分子蒸馏设备的结构方式，内部压强低，内部阻力远比惯例蒸馏小，因而可大大节约能耗。