短程蒸馏器在进行使用时其沸腾的薄膜和冷凝面之间的压差是蒸汽流向的驱动力，在进行使用时对微小的压力将就会直接引起蒸汽的流动，在1mbar下运行要求在沸腾面和冷凝面之间具有短的距离，基于这个原理制作的蒸馏器称为短程蒸馏器。短程蒸馏器（分子蒸馏）有一个内置冷凝器在加热面的对面，并使操作压力降到0.001mbar以下。它较低的沸腾温度，适合热敏性、高沸点物。