分子蒸馏的工作原理是利用液相中轻重组份分子逸出液相主体时分子自由程的差来实现分离的。而要实现分离基本条件是：轻组份分子逸出的分子自由程等于加热面与冷凝面的距离，能正确达到内置冷凝器实现捕集；而重组份分子逸出的分子自由程要小于加热面与冷凝面的距离，使其不会达到内置冷凝器，也是内置冷凝器只捕集轻组份的分子，而实现轻重组份的分离。
　　在进行分子蒸馏之前，要认真的检查设备是否有损坏、接口是否吻合，注意拿的时候要轻拿轻放；要保持接口的清洁，可以用软布擦拭，也可以真空脂涂膜都是不错方式。设备的接口不能太紧，所以要保持松动性，否则会影响作用发挥。
　　开始工作时候要保持机械从低至高速运行，同时关机的话要保持机械停止了旋转方可以。每次使用分子蒸馏设备后应该及时的进行清理，保持机械的清洁干净，从而提高机械的工作性能发挥，所以定期对密封圈进行清洁，使用过程中要注意防潮防水性能，以免造成导电现象发生。
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