分子蒸馏设备在沸腾的薄膜和冷凝面之间的压差是蒸汽流向的驱动力，在进行使用时对微小的压力将就会引起蒸汽的流动，设备内有一个内置冷凝器在加热面的对面，并使得操作压力降到0.001mbar，该设备在进行使用时具有其较低的沸腾温度，在进行使用时适合其热敏性以及高沸点物。在进行使用时带有加热夹套的圆柱型筒体，转子和内置冷凝器;在转子的固定架上准确装有刮膜器和防飞溅装置。内置冷凝器位于蒸发器的中心，转子在圆柱型筒体和冷凝器之间旋转。
　　在进行蒸馏的过程中，其物料是从蒸发器的顶部加入的，在进行使用时会经过其转子上的料液分布器将其连续均匀的分布在加热面上，随即刮膜器将料液刮成一层薄、呈湍流状的液膜，并以螺旋状向下推进，从加热面上逸出的轻分子，经过短的路线和基本未经碰撞就到内置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通过位于蒸发器底部的出料管排出；残液即重分子在加热区下的圆形通道中收集，再通过侧面的出料管中流出。
　　分子蒸馏设备从液相主体向蒸发表面扩散通常，液相中的扩散速度是控制分子蒸馏速度的主要因素，所以应尽量减薄液层厚度及强化液层的流动，蒸发速度随着温度的升高而上升，但分离因素有时却随着温度的升高而下降，所以应以被加工物质的热稳定性为前提，选择经济合理的蒸馏温度。