实验室分子蒸馏是一种在高真空下操作的蒸馏方法，这时蒸气分子的平均自由程大于蒸发表面与冷凝表面之间的距离，从而可利用料液中各组分蒸发速率的差异，对液体混合物进行分离。
　　1、普通蒸馏在沸点温度下进行分离，分子蒸馏可以在任何温度下进行，只要冷热两面间存在着温度差，就能完成分离目的。
　　2、普通蒸馏是蒸发与冷凝的可逆过程，液相和气相间可以形成相平衡状态；而分子蒸馏过程中，从蒸发表面逸出的分子直接飞射到冷凝面上，中间不与其它分子发生碰撞，理论上没有返回蒸发面的可能性，所以，分子蒸馏过程是不可逆的。
　　3、普通蒸馏有鼓泡、沸腾现象；分子蒸馏过程是液层表面上的自由蒸发，没有鼓泡现象。
　　4、表示普通蒸馏分离能力的分离因素与组元的蒸汽压之比有关，表示分子蒸馏分离能力的分离因素则与组元的蒸汽压和分子量之比有关，并可由相对蒸发速度求出。
　　5、对于高沸点、热敏及易氧化物料的分离，分子蒸馏提供了分离方法。因为分子蒸馏在远低于物料沸点的温度下操作,而且物料停留时间短。
　　6、可脱除液体中的物质如有机溶剂、臭味等，这对于采用溶剂萃取后液体的脱溶是有用的方法。
　　7、可有选择地蒸出目的产物，清理其它杂质，通过多级分离可同时分离多种以上的物质。
　　8、分馏过程是物理过程，因而可保护被分离物质不受污染和侵害。